Spółka Akcyjna Klub Sportowy Cracovia została utworzona w 1997 roku. Kluczowym momentem dla jej przyszłości okazał się 24 stycznia 2003 roku, kiedy to dotychczasowy sponsor drużyn piłkarskiej i hokejowej, Comarch S.A., kierowany wówczas przez śp. prof. Janusza Filipiaka, podpisał wraz z Prezydentem Miasta Krakowa Jackiem Majchrowskim list intencyjny. Na jego mocy Comarch objął pakiet 300 000 akcji MKS Cracovia SSA o łącznej wartości 3 mln zł, uzyskując 28% udziałów w Spółce.
To przełomowe wydarzenie nie byłoby możliwe bez zaangażowania wielu osób związanych z Cracovią. Szczególne zasługi należy przypisać Grupie 100, na czele z Pawłem Misiorem i Dariuszem Mrozem, a także Kołu Sympatyków. Od tego momentu rozpoczął się dynamiczny rozwój drużyn piłkarskiej i hokejowej, które zaczęły piąć się w górę ligowych tabel. W maju 2004 roku Zarząd Comarch S.A. zdecydował o zwiększeniu zaangażowania finansowego w klub. Uchwałą Rady Miasta Krakowa z 15 czerwca 2004 roku Spółka została dokapitalizowana przez emisję nowych akcji o wartości 4 mln zł, co podniosło udział Comarchu w MKS Cracovia SSA do 49%.
W kolejnych latach miały miejsce dalsze dokapitalizacje: w grudniu 2011 roku (16 mln zł, kapitał zakładowy wzrósł do 18 420 100 zł), w lutym 2013 roku (do 19 560 100 zł) oraz w styczniu 2014 roku (do 21 840 100 zł). W efekcie Comarch S.A. posiadał 66,11% akcji w kapitale zakładowym, dających taki sam procent głosów na Walnym Zgromadzeniu Akcjonariuszy.
W 2024 roku Klub powrócił do historycznej nazwy Klub Sportowy Cracovia S.A., przeprowadzając jednocześnie rebranding herbu i wprowadzając nową identyfikację wizualną.
W 2025 roku większościowy pakiet akcji Klubu nabył Robert Platek, który jest obecnie akcjonariuszem większościowym Cracovii.