Początek historii wrocławskiego klubu datuje się na 1947 rok. Kilka miesięcy wcześniej powstaje jednak Pionier, czyli ekipa stworzona przez członków Oficerskiej Szkoły Saperów, z którą później połączył się inny wojskowy zespół, Podchorążak. W pierwszych latach istnienia, Pionier walczył głównie w rozgrywkach A Klasy okręgu wrocławskiego, a w 1949 roku został przemianowany na Legię. Na początku lat 50. doszło do kolejnej zmiany nazewnictwa. Przez kilka lat mieliśmy do czynienia z Okręgowym Wojskowym Klubem Sportowym, a od 1955 roku z Centralnym Wojskowym Klubem Sportowym. W tamtym okresie, drużyna balansowała między dawną II, a III Ligą. Wreszcie w 1957 roku na stałe do nazwy zespołu dołączył obecny tam do dziś, Śląsk.
Sympatycy piłki na Dolnym Śląsku mieli swoje chwile triumfu w 1964 roku - właśnie wtedy Śląsk po raz pierwszy awansował do rozgrywek Ekstraklasy. Pierwszy pobyt w krajowej elicie potrwał 5 sezonów, ale po czterech latach spędzonych na zapleczu, wrocławianie ponownie pojawili się w gronie najlepszych klubów w Polsce. Przełom lat 70. i 80. XX wieku był najlepszym w historii tego klubu. Śląsk stawał trzykrotnie na podium zmagań ligowych, a do tego dołożył Puchar Polski zdobyty w 1976 roku i mistrzostwo kraju kilkanaście miesięcy później. W latach 80., Wojskowi byli zespołem środka tabeli, ale w 1987 roku dołożył do swojego dorobku kolejne trofea: drugi Puchar i pierwszy Superpuchar Polski.
Po przemianach ustrojowych w Polsce, Śląsk musiał borykać się z kłopotami organizacyjno-finansowymi. W sezonie 1996/1997 nie dokończył nawet rozgrywek oddając ostatnie 3 mecze walkowerem i opuścił szeregi klubów Ekstraklasy. W trakcie kolejnych zmagań ligowych, sekcja piłkarska została wydzielona z reszty klubu. Wówczas założono Sportową Spółkę Akcyjną, a nazwa zespołu została lekko zmodyfikowana - z Wojskowego Klubu Sportowego, Śląsk stał się Wrocławskim Klubem Sportowym. Na początku XXI wieku, wrocławska ekipa balansowała między I, a II Ligą, ale w 2003 roku, zamiast walki o powrót do Ekstraklasy, kibice we Wrocławiu musieli się pogodzić ze spadkiem do dawnej III Ligi.
Powrót na zaplecze Ekstraklasy potrwał 2 sezony, a w kolejnych trzech latach ekipa z Wrocławia walczyła o ponowny awans do krajowej elity. Cel udało się zrealizować w sezonie 2007/2008 i od tamtego momentu Śląsk do dziś jest stałym uczestnikiem rywalizacji najlepszych klubów w kraju. W międzyczasie akcje klubu przejęło miasto. W 2009 roku we Wrocławiu świętowano zdobycie Pucharu Ekstraklasy w ostatniej edycji tych rozgrywek. Kilka miesięcy po tym triumfie, nowym większościowym właścicielem akcji Śląska został Zygmunt Solorz-Żak, czyli m.in. współzałożyciel telewizji Polsat.
W okresie panowania telewizyjnego giganta we Wrocławiu, udało się zdobyć drugie w historii Mistrzostwo Polski (sezon 2011/2012) oraz drugi Superpuchar Polski. Pod koniec 2013 roku, akcje klubu powróciły w ręce władz miejskich, a na początku kolejnego roku nowymi akcjonariuszami zostały 3 wrocławskie firmy. Aktualnie, Śląsk zajmuje miejsca głównie w drugiej połowie tabeli Ekstraklasy, aczkolwiek w 2021 roku udało się wywalczyć 4. miejsce w zmaganiach najlepszych klubów w Polsce.
Śląsk Wrocław zapisał się także złotymi zgłoskami w kwestii występów w europejskich pucharach. W 1977 roku był ćwierćfinalistą Pucharu Zdobywców Pucharów, gdzie Wojskowych zatrzymało dopiero słynne włoskie SSC Napoli. Klub dwukrotnych Mistrzów Polski wywalczył także dwukrotny awans do 1/8 finału Pucharu UEFA, a tam na drodze Śląska stanęły inne mocne zespoły: Liverpool FC i Borussia Mönchengladbach. W XXI wieku, klub z Wrocławia był bliski trzykrotnego awansu do fazy grupowej Ligi Europy. W 2011 roku w fazie Play-Off eliminacji, wrocławianie odpadli z Rapidem Bukareszt, w 2012 z Hannoverem 96, a 2 lata później z późniejszym triumfatorem zmagań, Sevillą FC.