Magiera swoją piłkarską przygodę zaczynał w szkółce Rakowa Częstochowa, finalnie dochodząc aż do pierwszego zespołu Medalików. Tam zadebiutował także na poziomie Ekstraklasy, w sierpniu 1995 roku pojawiając się na kilka minut na boisku przeciwko Stomilowi Olsztyn. Kluczowym momentem jego kariery był transfer do Legii Warszawa, który miał miejsce w styczniu 1997 roku. Finalnie spędził przy Łazienkowskiej blisko 10 lat, zdobywając cztery trofea: dwa mistrzostwa, a także Puchar i Superpuchar Polski. Na koncie ma także sukces z juniorską reprezentacją Polski, bo był zawodnikiem drużyny, która w 1993 roku zdobyła mistrzostwo Europy U-16.
Wraz z końcem sezonu 2005/2006 Magiera rozwiązał kontrakt z Legią. Skontaktować się z nim postanowił ówczesny trener Cracovii, Stefan Białas. Magiera do Pasów, ostatecznie spędzając w naszym klubie tylko kilka miesięcy. „Magiera zagrał w pięciu z sześciu meczów, jakie "Pasy" miały w tej rundzie. Swoją postawą nie rzucił na kolana. Klub na pewno nie był zadowolony z jego dyspozycji, podobnie kibice. A sam piłkarz źle podobno czuł się z nakładaną na niego presją i gęstniejącą wokół jego osoby atmosferą. Koledzy z zespołu nie znają powodów decyzji byłego legionisty i mówią, że było to dla nich zaskoczenie. - Powiem tyle, że Magiera choć nie był w najwyższej formie, wykonywał czarną robotę - mówił trener Białas” – pisała wtedy Gazeta Krakowska.
Zaskoczeniem dla kolegów była natomiast decyzja Magiery o zakończeniu piłkarskiej kariery, chociaż nie miał jeszcze skończonych 30 lat. Co ciekawe, w swoim ostatnim boiskowym występie, w meczu przeciwko Groclinowi Grodzisk Wielkopolski, zagrał przeciwko Tomaszowi Jodłowcowi, jego późniejszy podopieczny z Legii. Magiera szybko po zakończeniu kariery piłkarskiej przebranżowił się na trenera. Jeszcze w 2006 roku dołączył do sztabu reprezentacji Polski U-18, by później wrócić do Legii Warszawa. Przy Łazienkowskiej był członkiem sztabu u kilku kolejnych trenerów, w międzyczasie obejmując stanowisko tymczasowego pierwszego trenera, prowadził także drugą drużynę Legionistów. W 2016 roku rozpoczął pracę w Zagłębiu Sosnowiec, by już po kilku miesiącach ponownie wrócić do Warszawy, tym razem już w roli pierwszego trenera. Okazja trafiła się niezwykle prestiżowa, bo debiut Magiery przypadł na Lizbonę i mecz Ligi Mistrzów ze Sportingiem. To był bardzo udany zawodowo czas dla 47-latka, bo finalnie sezon zakończył z mistrzostwem Polski, a w Lidze Mistrzów Legia wywalczyła trzecie miejsce w grupie, po drodze pokonując na swoim stadionie Sporting i remisując 3:3 z Realem Madryt.
Dużo mniej udany był początek kolejnego sezonu, bo Legia odpadła najpierw z eliminacji Ligi Mistrzów po dwumeczu z Astaną, a następnie straciła szansę na fazę grupową Ligi Europy nie radząc sobie z Sheriffem Tyraspol. Finalnie z Legią pożegnał się we wrześniu 2017 roku, po porażce 1:2 ze Śląskiem Wrocław.
W kolejnych latach wrócił do pracy w PZPN. Najpierw otrzymał ważne wizerunkowo zadanie, jakim było przygotowanie naszej reprezentacji U-20 do mistrzostw świata, które organizowane były w Polsce. To w ich trakcie Erling Haaland zdobył 9 goli w jednym meczu, a Polacy udział w młodzieżowym mundialu zakończyli na 1/8 finału. Magiera następnie w dwóch meczach poprowadził jeszcze kadrę U-19, by w marcu 2021 roku wrócić do piłki klubowej, konkretnie do Śląska Wrocław. Pracę rozpoczął od awansu z do eliminacji Ligi Europy, które dla Śląska zakończyły się na 3. rundzie. Pod koniec 2021 roku jego zespół wpadł jednak w spory dołek i finalnie po serii 8 kolejnych meczów bez zwycięstwa Magiera pożegnał się z klubem, a jego ostatnim rywalem była… Legia Warszawa.
Po nieco ponad roku Magiera znów jednak objął zespół Śląska, tym razem jego rolą było uratowanie klubu przed spadkiem. Ta misja zakończyła się powodzeniem, a w trwającym sezonie Śląsk jest jednym z kandydatów do mistrzostwa Polski, głównie za sprawą świetnej rundy jesiennej. Wiosną zdobycz punktowa jest zdecydowanie mniej okazała, ale wciąż pozwala Wrocławianom, by utrzymywać się na ligowym podium.
Mecze łącznie: 5
Zwycięstwa: 4
Remisy: 0
Porażki: 1
Najwyższe zwycięstwo: 6 listopada 2016, Legia 2:0 Cracovia
Najwyższa porażka: 18 grudnia 2021, Śląsk 0:2 Cracovia
Pierwszy mecz: 6 listopada 2016, Legia 2:0 Cracovia
Ostatni mecz: 10 listopada 2023, Cracovia 0:1 Śląsk