Mateusz Wdowiak w pasiastych barwach po raz pierwszy zagrał jeszcze jako zawodnik grup młodzieżowych Cracovii. Od tego momentu przeszedł pełną drogę zawodniczą, najpierw reprezentując Pasy w zespole rezerw, a następnie - stając się ważnym elementem pierwszego zespołu. Z krótką przerwą, związaną z wypożyczeniem do pierwszoligowej wówczas Sandecji wiosną 2017 roku, był zawodnikiem Cracovii nieprzerwanie do dziś.

W pierwszym zespole Pasów rozegrał łącznie 152 spotkania we wszystkich rozgrywkach, 13 razy trafiając do siatki. Zaliczył również 23 asysty. Swój szczególny udział miał także w historycznym dla Klubu meczu finałowym rozgrywek Pucharu Polski 2019/20 - zdobywając bramkę, przyczynił się do zdobycia pierwszego w dziejach Pasów krajowego trofeum pucharowego. Trzynastokrotnie zagrał również w młodzieżowych reprezentacjach Polski na wszystkich szczeblach juniorskich.