Stoper reprezentował barwy najstarszego Klubu sportowego w Polsce przez ponad trzy lata. Od 1 lipca 2017 roku, kiedy stał się zawodnikiem Pasów, we wszystkich rozgrywkach ligowych oraz pucharowych pojawił się na boisku dokładnie sto razy. Przez ten czas jedenastokrotnie pokonywał bramkarzy przeciwników, sześć razy notując również kluczowe podanie. W rozgrywkach 2018/19 przez trzy miesiące pełnił również funkcję Kapitana I zespołu Cracovii.

Pod kątem strzeleckim szczególnie imponujący dla Michała był jego debiutancki sezon w Pasach. W rozgrywkach 2017/18 przebojem wdarł się do wyjściowego składu, w rozgrywkach ligowych zdobywając osiem bramek i trzykrotnie asystując. Te statystyki, wyjątkowo udane na pozycji środkowego obrońcy, zaowocowały przyznaniem Helikowi tytułu najlepszego obrońcy sezonu Ekstraklasy 2017/18.

Przez trzy lata gry dla Cracovii do osiągnięć indywidualnych dołożył również drużynowe. Podczas ubiegłorocznej drogi Pasów po historyczny triumf w Pucharze Polski opuścił tylko jedno spotkanie, we wszystkich pozostałych - włącznie z finałem - przebywając na boisku od pierwszej do ostatniej minuty. Tym samym stał się jednym z trzech zawodników, którzy w minionym sezonie grali w tych rozgrywkach w największym wymiarze czasowym.

Michał Helik na Wyspach Brytyjskich reprezentować będzie Barnsley FC. Nowy klub obrońcy rywalizuje na centralnym szczeblu angielskich rozgrywek przez 133 lata swojego dotychczasowego istnienia. W rozgrywkach 2020/21 występować będzie w Championship, na bezpośrednim zapleczu Premier League.