Do powstania zorganizowanych klubów w Krakowie przyczynił się przyjazd drużyn ze Lwowa. Miało to miejsce 4 czerwca 1906 roku i wtedy to odbyły się pierwsze mecze pomiędzy drużynami tych niezwykle zasłużonych dla historii polskiej piłki nożnej grodów. W pierwszym Czarni Lwów zmierzyli się ze "studentami" nazywanymi również "przodownikami", w drugim rywalem KGS IV Gimnazjum Lwów byli "akademicy", czyli naprędce zwołana drużyna składająca się z publiczności, która obserwowała wcześniejszy mecz.

Po ogłoszeniu w "Nowej Reformie" "akademicy" zebrali się 13 czerwca na pierwszy trening i utworzyli Akademicki Klub Footballowy. Tak narodziła się legenda polskiego futbolu - we wrześniu 1906 roku klub przybrał nazwę Akademicki Klub Footballowy "Cracovia". Z kolei "Przodownicy" zwani też "studentami", "drużyną Szeligowskiego", "I Drużyną Studencką", a potem "I Klubem Studenckim" otrzymali tego lata stroje w biało-czerwone pasy oraz stałą nazwę - Biało-czerwoni.

Zimą połączono dwie najlepsze drużyny "turnieju jesiennego": Biało-czerwonych oraz AKF Cracovię. Nowy zespół nazwę przejął od "akademików", barwy zaś, czyli koszulki w biało-czerwone pasy, od drużyny Szeligowskiego - w taki sposób zakończył się etap budowania drużyny pierwszego mistrza Polski.

Przed wybuchem Pierwszej Wojny Światowej drużyna Cracovii rozgrywała mecze głównie z drużynami z terenu Galicji, która stała się kolebką polskiej piłki nożnej, ale także wiele spotkań toczyła z drużynami z innych ziem monarchii Austro-Węgierskiej. Pierwszy taki mecz Cracovia przegrała w Opawie z Troppauer Spotverein 2:4 (1908 rok). Trzy lata później "Biało-czerwoni" zmierzyli się z uznawaną za najlepszą drużynę europejską, reprezentacją Austro-Węgier. Mimo porażki 3:6 postawa naszych zawodników pozwoliła uzyskać elitarny na owe czasy tytułu drużyny pierwszej klasy austriackiej. W roku 1913 Cracovia wygrała rozgrywki o mistrzostwo Galicji, wyprzedzając lokalną rywalkę Wisłę oraz Pogoń Lwów.

W pierwszym międzypaństwowym meczu reprezentacji Polski z Węgrami wystąpiło aż 7 zawodników naszego klubu. W okresie międzywojennym Cracovia jeszcze trzykrotnie sięgała po mistrzowski tytuł, kolejno w 1930, 1932 oraz w 1937 roku.

Lata tuż po wojnie początkowo nie zapowiadały "czarnego" okresu w dziejach klubu. Jeszcze w 1948 roku drużyna Cracovii zdobywa po meczu barażowym z Wisłą tytuł mistrzowski, jednak w związku z reorganizacją klubów sportowych na wzór radziecki już rok później Cracovia zostaje Związkowym Klubem Sportowym Ogniwo Cracovia. W czerwcu 1949 roku z nazwy znika łacińska nazwa naszego miasta, zostaliśmy decyzja władz pozbawieni "Biało-czerwonych" pasów na koszulkach. Zanim w 1955 roku odzyskaliśmy nasze imię egzystowaliśmy przez trzy lata jako "Terenowe Koło Sportowe Sparta".

Reorganizacja sportu nie ograniczała się jedynie do ingerencji w tradycyjne nazwy klubowe. Kluby sportowe zostały podporządkowane zrzeszeniom. Naszym "protektorem" zostało najpierw MPK, a następnie opieką objęła nas spółdzielnia spożywców. Słaba pozycja "protektorów" w ówczesnej hierarchii odbiła się na wynikach sportowych. Drużyna piłkarska plasowała się na coraz niższych pozycjach, by w roku 1954 pożegnać się z rozgrywkami pierwszej ligi. Wprawdzie już trzy lata później nastąpił powrót do rozgrywek z udziałem najlepszych drużyn, ale tylko na dwa sezony.

I w takim rytmie odtąd miała toczyć się historia naszej piłki - liczona spadkami i awansami. Z pierwszej do drugiej, drugiej do trzeciej (pierwszy taki spadek miał miejsce po sezonie 1970-71), trzeciej do drugiej etc.

W tym okresie za sukces należy przyjąć awans do pierwszej ligi w sezonie 1982-83. W latach dziewięćdziesiątych poza trzecią ligą występowaliśmy jedynie przez trzy sezony. Głównym problemem Cracovii w tym okresie to przede wszystkim brak finansów.

W 1997 Cracovia przekształcono w Sportową Spółkę Akcyjną, ale w dalszym ciągu głównym problemem pozostawały niewystarczające fundusze. Klub jednak uratowano przed ostatecznym bankructwem. Przyczynili się do tego głównie kibice.

W roku 2001 miała miejsce słynna manifestacje przed Urzędem Wojewódzkim przy ul. Basztowej. Upadający klub został uratowany przez ofiarnych kibiców zrzeszonych w "Grupie 100", którzy dzięki własnym pieniądzom wspomagali klub i doprowadzili do pojawienia się w 2002 roku sponsora - firmy Comarch. W sezonie 2002-03 następuje powrót do drugiej ligi, rok później ekstraklasa. Po wielu latach Cracovia wróciła na należne jej miejsce.

W pierwszym sezonie w najwyższej klasie rozgrywkowej Cracovia uzyskuje piąte miejsce i ociera się o udział w rozgrywkach Intertotto. Jednocześnie zostaje okrzyknięta drużyną grającą najciekawszy futbol w lidze. Stabilizacja finansowa skutkuje nowymi transferami i rozbudową bazy treningowej, a poziom piłkarski przekłada się na powołania do reprezentacji Polski. Sezon 2005/2006 to pechowe dziewiąte miejsce pierwszej drużyny, ale za to Mistrz Polski juniorów młodszych! W swoje urodziny klub organizuje wielką Galę Stulecia, a do obchodów przyłączają się tysiące kibiców i całe miasto. Rok później w Orange Ekstraklasie Cracovia kończy sezon na wysokiej czwartej pozycji wyprzedzając swoją lokalną rywalkę, aż o cztery oczka.

W sezonie 2009/10 sezonie podopieczni ówczesnego szkoleniowca, Oresta Lenczyka, zajęli dwunastą lokatę. W maju nastąpiła zmiana na ławce trenerskiej i Cracovię objął Rafał Ulatowski, jednak po nieudanych pierwszych spotkaniach sezonu 2010/11 (w jedenastu meczach drużyna zdobyła zaledwie cztery punkty) ustąpił miejsce Jurijowi Szatałowi. Nowy szkoleniowiec zadebiutował na ławce trenerskiej Pasów 5 listopada 2010 roku w spotkaniu z Wisłą Kraków (0:1).

W sezonie 2011/12 Cracovia zaliczyła nieudane występy, które w konsekwencji oznaczały pożegnanie z Ekstraklasą.

Wraz ze spadkiem do I ligi, do Cracovii - po kilku latach przerwy - wrócił znany kibicom trener Wojciech Stawowy, a zespół rozpoczął walkę o powrót do Ekstraklasy, co udało się po zaledwie jednym sezonie gry na zapleczu T-Mobile Ekstraklasy.

Na początku sezonu 2013/2014 Cracovia była nazywana "rewelacją rundy". Piłkarze radzili sobie na tyle dobrze, że niewiele zabrakło im do awansu do pierwszej ósemki. Nie udało się jednak. Po porażce 0:1 z Koroną Kielce, musieli pożegnać się z grupą mistrzowską. Sezon "Pasy" zakończyły na 14. miejscu.

Sezon 2014/15 "Pasy" rozpoczęły pod wodzą nowego szkoleniowca, Roberta Podolińskiego, który w kwietniu 2015 roku po niezbyt dobrych wynikach drużyny szczególnie na wyjeździe został zastąpiony przez Jacka Zielińskiego. Efekt „nowej miotły" zadziałał znakomicie - w dziewięciu meczach za kadencji nowego trenera Cracovia odniosła siedem zwycięstw i zanotowała dwa remisy. W rezultacie drużyna zakończyły rozgrywki na dziewiątym miejscu, czyli pierwszym w grupie spadkowej.

Okres świetnej gry przedłużył się na sezon 2015/16. Drużyna Cracovii tylko po jednej z 37 kolejek wypadła poza pierwszą piątkę w tabeli, a większość sezonu spędziła na pozycji trzeciej. Ostatecznie „Pasom", które były drugą najbardziej bramkostrzelną ekipą w Ekstraklasie, udało się uplasować na czwartym miejscu, które dało przepustkę do europejskich pucharów. W czerwcu 2016 roku Cracovia po raz pierwszy w historii klubu zagra w eliminacjach Ligi Europy!

Po okresie nieco słabszych wyników w kolejnych rozgrywkach, od początku sezonu 2017/18 aż do dnia dzisiejszego najstarszy Klub sportowy w Polsce prowadzi Michał Probierz. W pierwszym pełnym roku pracy Pasy pod jego wodzą zajęły 9. miejsce w tabeli LOTTO Ekstraklasy, znajdując się o włos od kwalifikacji do grupy mistrzowskiej. Jeszcze lepszy okazał się jednak sezon 2018/19, w którym Cracovia po raz drugi w ostatnich latach znalazła się w eliminacjach Ligi Europy, zajmując czwartą lokatę na koniec sezonu. 

W sezonie 2019/20 Pasy do ostatnich kolejek rywalizowały o prawo ponownej gry w rozgrywkach Ligi Europy UEFA. Awans do europejskich pucharów uzyskaliśmy, odnosząc jednocześnie historyczny sukces w dziejach najstarszego Klubu sportowego w Polsce. W dniu 24 lipca 2020 Pasy po raz pierwszy zdobyły trofeum Pucharu Polski, kwalifikując się tym samym ponownie do eliminacji LE, gdzie zmierzyliśmy się ze szwedzkim Malmö FF. Wkrótce później, obok trofeum pucharowego w naszej gablocie pojawił się Superpuchar Polski, zdobyty 9 października 2020 po zwycięstwie nad Legią Warszawa.

W kolejnym sezonie Cracovia długo walczyła o obronę zdobytego rok wcześniej trofeum, jednak w półfinale rozgrywek 20/21 lepszy okazał się późniejszy triumfator, Raków Częstochowa. Rozgrywki PKO Ekstraklasy zakończyliśmy na 14. miejscu, a w trakcie następnych rozgrywek na stanowisku trenerskim Michała Probierza zastąpił Jacek Zieliński. Pod jego wodzą Pasy kończyły sezony kolejno na 9. i 7. miejscu. W 2022 i 2023 roku do Cracovii trafiali piłkarze o uznanej marce na europejskich boiskach: Jewhen Konoplanka i Kamil Glik.

17 grudnia 2023 środowisko piłkarskie i biznesowe w Polsce, a przede wszystkim społeczność kibiców Cracovii, obiegła informacja o śmierci profesora Janusza Filipiaka. Jego pamięć kibice uczcili w trakcie meczu z Legią Warszawa, rozegranego trzy dni później, który zakończył się wygraną Pasów 2:0.

22 stycznia 2024 roku Rada Nadzorcza MKS Cracovia SSA podjęła decyzję o powołaniu na stanowisko Prezesa Zarządu MKS Cracovia SSA Pana dra Mateusza Dróżdża.

Jacek Zieliński prowadził Pasy także w sezonie 2023/2024, by zakończyć współpracę z klubem na początku kwietnia 2024 roku z powodu niesatysfakcjonujących wyników sportowych i zagrożenia spadkiem z PKO Ekstraklasy. Prowadzenie drużyny przejął Dawid Kroczek i ostatecznie spełnił cel, jakim było utrzymanie na najwyższym poziomie rozgrywkowym.


13 czerwca 2024 roku, w 117. rocznicę powstania, Cracovia oficjalnie wprowadziła nową identyfikację wizualną, wprowadzając jednocześnie do życia odświeżony herb Klubu, łączący historię z nowoczesnością. Nastąpił także powrót do historycznej oficjalnej nazwy, KS Cracovia SA.